Le lien entre un champignon et les racines d'une plante, la symbiose mycorhizienne, est basé sur un partage des ressources permettant notamment une augmentation des capacités d'absorption des éléments du sol par la plante.
Le contexte souterrain d'un bonsaï est très particulier. En effet, le volume de sol d'un bonsaï, toujours très limité, implique un volume de prospection racinaire très faible pour l'exploration du système racinaire à la recherche d'éléments nutritifs et d'eau.
