Covid-19: séquencer le virus pour mieux maîtriser la pandémie
Chaque jour, l’épidémie de Covid-19 progresse inexorablement. Le Sars-CoV-2 se réplique, mute, puis se transforme. Les scientifiques doivent donc le surveiller en permanence. Notamment grâce au séquençage de son génome, mais aussi en l’analysant finement grâce à la phylodynamique, une discipline récente qui vise à collecter de précieuses informations pour lutter contre lui: « Savoir où une souche particulière se propage, estimer la date de son apparition, déterminer les durées de contagiosité, évaluer le nombre d’individus porteurs ou encore identifier les événements de superpropagation », résume Samuel Alizon, directeur de recherche au CNRS dans l’équipe Evolution théorique et expérimentale du laboratoire Mivegec, à Montpellier.
Une telle enquête débute par les prélèvements nasopharyngés effectués chez les personnes potentiellement infectées, qui sont ensuite analysés par des tests PCR ou antigéniques. S’ils se révèlent positifs, ils sont transmis
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